創(chuàng)新基金申報工作全面實行數(shù)字化管理，企業(yè)需登錄網(wǎng)絡工作系統(tǒng)進行網(wǎng)上申報。
第一 進行注冊
1．企業(yè)登錄當?shù)赝扑]單位的網(wǎng)站（也可以通過科技部創(chuàng)新基金網(wǎng)站進入當?shù)赝扑]單位網(wǎng)站），在線填寫企業(yè)信息；
2．企業(yè)下載注冊承諾書、注冊信息表，法人代表簽字，加蓋公章；
3．企業(yè)將注冊資料（加蓋企業(yè)公章的注冊承諾書、注冊信息表、企業(yè)法人營業(yè)執(zhí)照、國稅登記證、地稅登記證、企業(yè)章程、驗資證明等）送交當?shù)貐^(qū)縣科技主管部門進行審核認證；
4．區(qū)縣科技主管部門提出書面認證意見。
第二 進行申報
1．企業(yè)按注冊的用戶名和密碼登錄當?shù)赝扑]單位網(wǎng)站（也可以通過科技部創(chuàng)新基金網(wǎng)站進入當?shù)赝扑]單位的網(wǎng)站），選擇申報項目欄目進行操作；
2．企業(yè)按照系統(tǒng)的詳細提示，了解和明確操作要求；
3．企業(yè)填寫申報材料（創(chuàng)新基金申報系統(tǒng)提供了詳細的指標定義和解釋、填報說明和要求、以及相關學習知識，企業(yè)完全可以獨立完成填報過程）；
4．企業(yè)將完成的內(nèi)容發(fā)送推薦，同時將區(qū)縣科技主管部門的認證材料、加蓋企業(yè)公章的相關附件報送推薦單位；
5．推薦單位對企業(yè)申報資料進行審核，提出修改完善意見，企業(yè)修改完善后提交；
6. 推薦單位接收企業(yè)申報的項目經(jīng)審核后，網(wǎng)上激活，完成項目的申報。